You're probably correct on the relations. I haven't updated my npc data thread in a long time and only updated the relationships for areas where I recorded a lot of different items sold in all places.
I wrote a quick tiny perl script to parse recorded items sold both in bastok and Neptune's Spire Jeuno and noticed that they all used the 1.025 multiplier.
Code:
npc.pl
Danceshroom | b( 652) j( 656) 1.0( 640) ej( 656) - x1.025
Dragon Cap | b( 7803) j( 7841) 1.0( 7650) ej( 7841) - x1.025
Eye Drops | b( 529) j( 531) 1.0( 519) ej( 531) - x1.025
G. Bird Plume | b( 538) j( 541) 1.0( 528) ej( 541) - x1.025
Hippogryph Fthr. | b( 1428) j( 1435) 1.0( 1400) ej( 1435) - x1.025
Holy Water | b( 357) j( 358) 1.0( 350) ej( 358) - x1.025
Int. Potion | b( 856) j( 861) 1.0( 840) ej( 861) - x1.025
Mistmelt | b( 2040) j( 2050) 1.0( 2000) ej( 2050) - x1.025
Platoon Zaghnal | b( 1122) j( 1127) 1.0( 1100) ej( 1127) - x1.025
Scorpion Claw | b( 278) j( 279) 1.0( 273) ej( 279) - x1.025
Silk Thread | b( 207) j( 208) 1.0( 203) ej( 208) - x1.025
Sleepshroom | b( 25) j( 25) 1.0( 25) ej( 25) - x1.025
Sparkling Stone | b( 2703) j( 2716) 1.0( 2650) ej( 2716) - x1.025
Wool Thread | b( 612) j( 615) 1.0( 600) ej( 615) - x1.025
Woozyshroom | b( 245) j( 247) 1.0( 241) ej( 247) - x1.025
I agree that it's very odd that Hara-ate doesn't follow the trend.
Note: reformatted the output to fit in the code block.
The columns left-to-right are:
item name
bastok npc sale price
nepture's spire (jeuno) npc sale price
base cost (ceil(bastok/1.02))
estimated jeuno cost (floor(base*1.025),
jeuno's base multiplier